南京中醫藥大學始建于1954年，是全國建校最早的高等中醫藥院校之一，也是江蘇省重點建設高校。半個世紀以來，南京中醫藥大學不僅主持編寫了第一套中醫高等教育教材，為新中國現代高等中醫教育培養了第一批師資，還誕生并培養了承淡安、葉橘泉等新中國中醫藥界最早的學部委員（院士），被譽為新中國高等中醫教育的搖籃。

         今天，坐落在六朝古都的南京中醫藥大學，擁有漢中門和仙林兩大校區，其中，2002年新建的仙林校區占地1500余畝，是一座集現代建筑風格結合傳統造園的藝術手法，融山水植被等自然景觀于一體的生態型、數字化、園林式的新型大學園區，具有深厚的中醫藥傳統文化底蘊，散發著鮮活的時代氣息。學校目前設有基礎醫學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、藥學院、經貿管理學院、護理學院、外國語學院、信息技術學院、研究生院、國際教育學院、成人教育學院、高等職業技術學院、心理學系等多所院系，本科專業涉及醫、管、理、工、經、文等六個學科門類，初步形成了以中醫藥為主體，中西醫結合，多學科為支撐協調發展的辦學格局。共擁有3個博士后科研流動站、20個博士點和29個碩士點，有3個國家級重點學科、14個省部級重點學科和多個國家及部省級重點學科建設點，有15所附屬醫院、1所中西醫結合臨床醫學院、百余所教學及實習基地，是國家教育部確定的國家基礎學科理科人才培養與科學研究基地（試辦）、全國中醫師資進修教育基地。2006年4月，南京中醫藥大學憑著鮮明的辦學特色、雄厚的辦學實力和突出的辦學成就，在教育部本科教學工作水平評估中被評為優秀，實現了學校本科教學水平一次真正意義上的國家級質量認證。

         學校治學嚴謹，學術氛圍濃厚，名醫薪傳、名師云集，涌現了一批又一批蜚聲海內外的專家、學者。近年來，先后有十余人次榮獲“國家教學名師”、“全國模范教師”、“全國優秀教師”、“全國先進工作者”、“全國師德建設先進個人”、“國家級有突出貢獻中青年專家”等各類全國性榮譽稱號。

         南京中醫藥大學科研實力雄厚，是國家科技部GCP中心和國家食品藥品監督管理局臨床藥理基地、江蘇省植物藥深加工工程研究中心、江蘇省海洋藥物研究開發中心、江蘇省中藥質量控制工程技術研究中心的建設單位，為國家和地方經濟的發展做出了重要貢獻，受到來校視察的李嵐清、回良玉等國家領導人的充分肯定。特別是由學校牽頭編撰并擔任總審定的《中華本草》，對中醫藥幾千年發展成就做出了系統的總結，被時任國務院總理李鵬同志譽為“當代《本草綱目》”。2006年5月，在梁保華省長和唐仲英先生的共同倡導和關心支持下，一個高水平的江蘇省中醫藥研究與新藥創制中心在南京中醫藥大學正式啟動，這不僅是江蘇省人民政府批準立項用于專門從事中醫藥研究與新藥創制的科技平臺，更將是學校國家級重點實驗室的孵化基地。以此為契機，南京中醫藥大學將進一步整合科技力量，切實加強科技創新能力與條件建設，積極謀求新一輪的跨越式發展。

         南京中醫藥大學國際教育、合作與交流工作起步早、形式多、范圍廣，長期作為世界衛生組織（WHO）傳統醫學合作中心、國家衛生部確定的國際針灸培訓中心，是首批獲準接受和培養留學生及中國臺灣地區學生的高等院校之一。目前與世界90多個國家和地區有著廣泛交流和聯系，擁有較高國際知名度。2006年，根據中意兩國衛生部協議，學校與羅馬大學、米蘭大學聯合在意大利開設中西醫結合碩士研究生教育的合作項目順利實施，開創了大學承擔中、外政府間正規中醫藥學歷教育合作項目的先河。同年，由世界衛生組織牽頭，與米蘭大學WHO傳統醫學合作中心、意大利MONSERRATE協會等機構合作建立的中西醫信息交流平臺“DESK CHINA”也進入了實質運作階段。

         經過“十五”期間的建設與發展，學校專業結構更趨合理，辦學規模適度擴展，辦學活力顯著增強，綜合實力明顯提升。面向“十一五”，南京中醫藥大學將繼續傳承并進一步升華50余年辦學的優良傳統和作風，不斷深化教學改革，加強內涵建設，著力提升辦學質量，通過辦學規模、結構、質量、效益的協調發展，努力建設成具有研究教學型特質的全國最好的中醫藥大學，躋身于全國具有特色的重點大學行列。