學校1959年4月江蘇省新海連醫學專科學校并入；1960年8月經江蘇省委批準我院定名為徐州醫學院。

          學校初建時期，恰逢國家三年經濟困難，辦學條件極為艱苦。在首任黨委書記兼院長馮芝庭的帶領下，全院師生員工勤儉建院、艱苦創業，自己搭建校舍、編印教材、制作標本和切片……靠白手起家，建校辦學，不斷改善辦學條件。從而形成了徐醫人知難而進、自力更生、艱苦創業的精神和品質，并薪火相傳影響著一代又一代徐醫人。

          黨的十一屆三中全會以來，學校根據經濟社會發展需求，及時調整發展戰略，確定了“多渠道、多層次、多系科辦學”和“蘇北地區乃至淮海經濟區醫學教育、醫療、科研的中心地位”的思路。1983—1998年江蘇省與原煤炭部對我院實行聯合辦學，拓寬了辦學渠道，擴大了服務面向。1985年開始招收碩士研究生，1993年起先后與中國科技大學、華中科技大學、中國醫科大學、中科院上海藥物研究所等單位聯合培養博士研究生，進一步提升了我院的辦學層次。1986年率先在國內創辦麻醉學本科專業；1995年、1997年分別增設醫學影像學、臨床藥學等專業和專業方向；跨入新世紀，又相繼開辦了護理學、急救醫學、全科醫學、藥學、預防醫學等專業和專業方向。建校47年來，學校為國家和社會培養輸送17369名畢業生，鞏固了在蘇北地區醫學教育、醫療、科研的中心地位。多年來，畢業生年底就業率保持在93％以上。

          學校現有 3 個校區，占地總面積 1102.55 畝。設有臨床醫學系、麻醉學系、醫學影像學系、公共衛生學系、護理學系、藥學系、基礎醫學部、社會科學部、研究生部、體育部、臨床學院、成人教育學院等 12 個系、（部、院），有 6 所附屬醫院。共有 6 個本科專業，其中麻醉學專業為省級品牌專業建設點。有碩士學位授予點 28 個， 2000 年被國務院學位委員會批準為全國第二批“臨床醫學專業碩士學位研究生”培養試點單位。是全國高等醫學教育學會麻醉學教育研究會主任委員單位、臨床醫學教育研究會副理事長單位，全國衛生專業技術職稱考試麻醉學專業命題基地、江蘇省麻醉醫學研究所均設在我院。截至 目前為止 ，全日制在校生 5747 人，其中本科生 4433 人 , 專科生 351 人，碩士生 833 人，成人高等教育脫產班學生 530 人。

          現有教職工 941 人，其中在編專任教師 456 人，其他任課教師 48 人。教授 45 人、副教授 150 人，博士 49 人、碩士 194 人，博士生導師 11 人 、碩士生導師 180 人（其中院外兼職導師 64 人） 。有“全國優秀教師” 5 人，國家級“有突出貢獻中青年專家” 1 人，享受國務院政府特殊津貼 28 人次，教育部優秀骨干教師項目資助 2 人；江蘇省“有突出貢獻中青年專家” 13 人，江蘇省政府“ 333 新世紀科學技術帶頭人培養工程”第二層次培養人選 2 人、第三層次培養人選 24 人次，江蘇省高校“青藍工程”中青年學術帶頭人培養人選 8 人、優秀青年骨干教師 27 人，江蘇省普通高等學校優秀學科帶頭人 2 人，江蘇省勞動模范 6 人，“江蘇省優秀教育工作者” 2 人，江蘇省“紅杉樹園丁獎”金獎 2 人、銀獎 2 人。 姚福寶 教授當選第七、第八、第九屆全國人大代表， 曾因明 教授當選第七、第八屆全國政協委員。

          現有國家級重點學科建設培育點1個，省級重點學科2個、重點學科建設點2個，省級優秀學科梯隊1個；省級重點實驗室2個。省級優秀課程8門、優秀課程群1個，1門課程被江蘇省推薦為國家級精品課程。獲得國家級教學成果一等獎1項，國家級教育教學改革課題3項；省部級教學成果獎9項，省級教育教學研究課題19項。主編或參編教育部、衛生部規劃教材及協編教材、專著48部，獲衛生部優秀教材一等獎1項，新版麻醉學系列教材（1套7冊）被確定為教育部面向21世紀課程教材和衛生部規劃教材。獲江蘇省高等學校精品教材3部、精品教材立項建設3部。

          2002年至今，獲各級各類科研課題188項，課題經費611.6萬元，其中國家自然科學基金資助16項，重點項目1項。獲衛生部科技進步三等獎1項，省市科技進步獎45項，省新技術引進獎22項；共發表學術論文1955篇，其中中文核心期刊447篇，SCI、EI收錄81篇。現主辦《國際麻醉學與復蘇雜志》（原《國外醫學?麻醉學與復蘇分冊》）、《徐州醫學院學報》、《麻醉學科信息報》等學術刊物。

          不斷加強對外交流與合作，多次主辦國際學術會議，先后與中國科學院、美國麻省總醫院、威斯康星大學醫學院、哈佛大學醫學院、紐約州立大學醫學中心、德克薩斯帕克醫學院、愛荷華大學醫學院、奧地利維也納大學醫學院、加拿大麥吉爾大學、德國烏爾姆大學等國內外科研院所、醫學院校建立了經常的雙向互訪協作關系 。

          學校具有優良的校風，精神文明建設成果顯著。曾被評為首家“江蘇省普通高等院校校風建設優秀單位”、首批“黨的建設和思想政治工作先進高校”，江蘇省“文明單位”、“文明學校”、“高等學校先進基層黨組織”，多次被評為“江蘇省大學生志愿者三下鄉暑期社會實踐活動先進單位”，還被國家教委、國家體委、共青團中央、民政部等授予“大學生體質調研先進集體”稱號。