一、業(yè)務經營
　　上市公司的經濟業(yè)務越復雜，注冊會計師的審計風險就越大。有時注冊會計師雖然能搜集到很多有力的審計證據，但仍難以證明其經濟業(yè)務的實質。在此種情形下，注冊會計師往往要冒很大的審計風險。如：(1)關聯(lián)方交易。有的上市公司通過關聯(lián)方交易將巨額虧損轉移到不需審計的關聯(lián)企業(yè)，隱瞞真實的財務狀況。有的則與其關聯(lián)企業(yè)杜撰一些復雜交易，單從會計方法上看，其利潤的確認過程完全合法，但它卻永遠不會實現。由于關聯(lián)交易的復雜性及內部控制、審計測試固有的局限性，注冊會計師很難發(fā)現關聯(lián)方及其交易的所有錯報、漏報。(2)非常交易。不少上市公司為了“扭虧為盈”或達到規(guī)定的配股條件，常常采用非常交易，如出讓土地、設備、股權等，年末發(fā)生非常銷售業(yè)務、收取政府補貼等，從中獲取非常收益。(3)非貨幣性交易。有許多上市公司的交易業(yè)務是非貨幣性的，如轉讓土地、股權等巨額資產，沒有現金流入，只是借記應收賬款，同時確認轉讓利潤。還有一些公司通過非法渠道將資金拆借出去，或者將資金投入子公司，這些資金或資本實際上已難以收回，卻仍在以此確認利息收入或投資收益。(4)跨地區(qū)交易和涉外交易。許多上市公司的業(yè)務是跨地區(qū)甚至是跨國經營的。有的國家或地區(qū)可以以一元錢注冊一個公司去進行數億元的業(yè)務而沒有法律限制；多數上市公司在全國各地有子公司或分銷點，致使審計范圍受到限制，嚴重困擾注冊會計師實施審計程序，審計風險便在所難免。(5)主營業(yè)務嚴重虧損。與上述幾種情況相關聯(lián)的是，一些上市公司的主營業(yè)務不突出，甚至是虧損。已虧損上市公司的許多扭虧，也是通過非常交易、非貨幣交易、關聯(lián)交易等手段而不是通過主營業(yè)務來實現。
　　二、資產重組
　　近兩年來，上市公司的資產重組行為越來越多，有剝離、收購或兩者混合等形式。不論采取何種形式，都有可能產生很多問題。如股權變更的標志是什么?如何確定重組購買日?重組相關公司的優(yōu)質資產、不良資產的計價標準是否一致?資產置換、注入優(yōu)質資產、剝離不良資產、剝離非經營性資產的會計處理是否合法、合規(guī)和公允?被購并方的債權債務是否真實?是否存在有負債或損失?重組中是否存在操縱利潤、虛盈潛虧的問題?對關聯(lián)單位、關聯(lián)交易的界定是否準確?對關聯(lián)交易的計價和會計處理是否正確?這些問題的存在，大大增加了注冊會計師的執(zhí)業(yè)難度和風險。
　　三、復雜的控股關系
　　有的公司為了達到一定目的，會通過各種辦法改變股權結構。從表面上看，有些交易是兩個獨立法人之間的交易，而實際上是關聯(lián)交易。由于我國目前還沒有披露終極所有者的規(guī)定，許多注冊會計師也很少關心上市公司與其子公司之間的真正關系，往往看不出公司安排的圈套。
　　四、法律糾紛
　　由于種種原因，現在越來越多的上市公司涉及法律糾紛，有的公司甚至同時涉及多個法律糾紛并造成數量不等的負債或損失，致使公司陷入極度財務困境甚至失去持續(xù)經營能力。
　　五、違法違規(guī)的融資行為
　　上市公司改制上市以前，往往沒有仔細考慮將籌得的資金投入何種項目，資金籌得后，又面對股民要求報酬的壓力。于是，就很容易出現亂存亂投現象，各種非法和非規(guī)范的融資行為也應運而生。如有的給集團公司長期占有，有的存在境外金融機構炒外匯，有的請證券公司炒股票等等。